Днк хромосома: «Как связаны между собой хромосомы, ДНК, гены?» – Яндекс.Кью

Не так давно Джонни Перл представил бесплатный онлайн-инструмент DNA Painter, предназначенный для рисования ваших хромосом. Я не удосужился попробовать это сразу, но если бы я осознал, насколько весело я буду, я бы начал раньше.

Как ни странно, Джонни, изображенный выше, выиграл награду RootsTech Innovation в этом году за DNA Painter — и, должен сказать, это вполне заслуженно.

Поздравляем Джонни!

• Это первая из четырех статей о ДНК Painter.В этой статье мы поговорим о том, как использовать инструмент и как начать работу.
• Во второй статье рассказывается о майнинге ваших спичек у различных поставщиков для окрашиваемых сегментов с инструкциями о том, как сделать это точно с каждым поставщиком.
• В третьей статье мы пройдемся по анализу моих нарисованных сегментов, чтобы вы тоже могли — и знали, как распознать откровения.
• Четвертая статья объясняет, как я решил давнюю загадку, которая сводила меня с ума.Если в вашем списке совпадений ДНК есть относительно близкий человек-загадка, который вы не можете точно определить, где он подходит, эта статья написана специально для вас!

Я скажу вам прямо сейчас, я не получал столько удовольствия в течение долгого времени!

Хотите услышать лучшую часть? Вам не нужно триангулировать. ДНК-живопись «само-триангулирует». Да, действительно!

Давайте начнем!

Представляем ДНК Painter

Чтобы начать использовать DNA Painter, вам нужно создать бесплатную учетную запись на www.dnapainter.com.

Прочитайте инструкцию и создайте свой профиль.

Джонни дает обзор. Не будьте настолько взволнованы, что пропустите это, или вы не знаете, как правильно рисовать. Вам не нужно быть Пикассо, но потратив на это несколько минут, вы впоследствии избавитесь от ошибок и разочарований.

Блейн Беттингер записал видео на YouTube, в котором рассказывается, как использовать DNA Painter для окрашивания ваших хромосом, чтобы идентифицировать и приписать определенные сегменты конкретным предкам.Он включает в себя мини-урок по сопоставлению хромосом.

Я настоятельно рекомендую вам посмотреть видео Блейна с самого начала. По какой-то причине эта ссылка попадает в конец видео, но просто сдвиньте красную полосу назад в начало.

Начало работы

Вот мои чистые голые хромосомы. Обратите внимание, что для каждой хромосомы вы видите голубую «половину» отца и розовую «половину матери». Это потому, что каждый получает половину своей аутосомной ДНК от своего отца, а другую половину — от своей матери.

Глядя на мою собственную картину хромосом сегодня, ниже, для меня невероятно волнительно видеть 57% моей ДНК, приписанной 77 парам и одной эндогамной группе, акадцам. Это заняло у меня около месяца работы.

В конце концов, это часто, как я вознаграждала себя! Единственная проблема это то, что трудно было лечь спать.

Для сравнения, я работал над своей таблицей совпадений ДНК, приписывая сегменты предкам уже 5 или 6 лет, и я никогда раньше не мог видеть эту информацию визуально подобным образом.Этот взгляд на мои хромосомы, нарисованные предками, так полезен!

Who To Map

DNA Painter — это не тот инструмент, в который вы загружаете свои результаты, это инструмент, в котором вы выборочно рисуете определенные сегменты совпадений, то есть сегменты, на которых вы сопоставляете конкретных людей с известными общими предками.

Как узнать, кто является хорошим кандидатом на карту?

Я начал с рисования моих самых близких спичек, с которыми я мог идентифицировать общего предка.

Мало того, что рисование ваших самых больших спичек будет полезным, когда вы собираете низко висящие плоды, это поможет вам определить, действительно ли вы определили правильную ДНК для последующих совпадений, приписываемых определенной генеалогической линии. Другими словами, сопоставление этих больших известных сегментов поможет вам идентифицировать ложные срабатывания, когда у вас нет другого критерия.

Твоя первая картина

Я открываю новый профиль в DNA Painter, чтобы продемонстрировать шаги в рисовании вместе с подсказками, которые я выучил на этом пути.

Я собираюсь использовать моего двоюродного брата, Шерил, с которым я близко встречаюсь в Family Tree DNA. Если вы не знаете, как использовать аутосомные инструменты Family Tree DNA, нажмите здесь.

Шерил — моя двоюродная сестра, однажды удаленная, поэтому у нас много ДНК.

Я выбрал Шерил в своем списке совпадений, установил флажок для ее совпадения, а затем щелкнул браузер хромосом, чтобы просмотреть информацию о совпадении наших сегментов.

Вы можете увидеть в браузере хромосом, что я делюсь с ДНК Шерил немного ДНК.

В верхней части браузера хромосом нажмите «Просмотр этих данных в таблице».

Выделите и скопируйте все сегменты для Шерил. Я использую только 7 см сегментов или выше в DNA Painter, поэтому вам не нужно копировать данные в строках ниже вашего последнего соответствия на этом уровне. DNA Painter позаботится об удалении всего постороннего.

Раскрась новый матч

В DNA Painter, после того как вы настроите свой профиль, нажмите «Paint a New Match».”

Просто вставьте данные сегмента в окно во всплывающем окне. DNA Painter заботится об удалении информации заголовка, а также слишком маленьких сегментов.

Вы можете нажать «наложить эти сегменты», чтобы «проверить» подгонку, но я не нашел для этого нужного применения, потому что я рисую только сегменты, в которых я уверен, и знаю, с какой стороны, материнской или по отцовской линии совпадение основано на известном родственнике.

Нажмите «сохранить совпадение сейчас» в правом нижнем углу.

Во всплывающем окне «Сохранить соответствие», показанном выше, я использую поля следующим образом.

Я ввожу имя своего совпадения ДНК, затем их связь со мной и источник совпадения. В данном случае «Черил <фамилия>, 1C1R, FTDNA»

В «Сегментных / совпадающих заметках» я перечисляю, как совпадение происходит от общей наследственной пары, идентификатора GedMatch, если он известен, и всего остального, включая другие потенциальные общие наследственные линии. Это означает, что я перечисляю каждое поколение, начиная с общей наследственной пары и заканчивая тестером.

Хирам Ферверда и Ева Миллер, Роско, Шерил, GedMatch Txxxxxx

В конечном итоге вы переосмыслите некоторые из ваших назначений сегмента конкретным предкам, и вам понадобится как можно больше информации об этом совпадении.

Переходя к следующему полю в «Имени предков», я использую имя пар, потому что на этом этапе вы не можете сказать, кто из двух людей фактически внес сегмент ДНК или какая-то часть принадлежит одному из предков пара и часть от другого.Если предок мужского пола является старшим или младшим, или трудно отличить его от других предков, я предлагаю ввести год рождения по его имени. Это ваш список выбора для последующего рисования сегментов одного и того же предка, так что вы хотите быть уверенным, что можете отличить поколения.

Далее вы выберете материнскую или отцовскую сторону своей семьи. Измените цвет, если вам не нравится предварительно выбранный для назначения сегментам, идущим от этой пары. Первоначально у меня были розовые или светлые цвета для матери и синие или более темные для отцовской, но я быстро обнаружил, что схема не работает, и у меня было больше предков, чем я мог себе представить, чья ДНК я смогу наносить на карту и рисовать.

Поэтому выбирайте контрастные цвета. Вы можете использовать каждый цвет на каждой половине, то есть материнской и отцовской, так как сегменты будут окрашены на разных половинах хромосомы.

В «Примечания для этой группы» я добавляю дополнительную информацию для пары, такую ​​как даты и место рождения и смерти, если я знаю или, вероятно, забуду.

Нажмите «сохранить».

Вот, пожалуйста! Разве это не весело !!!! Сегменты Шерил, которые соответствуют моим, нарисованы на моих хромосомах!

Справа, ваш ключ предка появляется вместе с каждым предком, которому вы назначили цветную клавишу.

Пока у меня есть только один!

Хотите нарисовать еще одну группу сегментов?

Давайте раскрасим брата Шерил.

Следуя той же последовательности, я рисую ДНК Дональда, но на этот раз я выбираю «Или связать эти сегменты с предком, которого я добавил ранее».

Я выбираю Хирама Ферверда, Еву Миллер и сохраняю. Сегменты, которые у меня общие с Шерил и / или Доном, теперь будут отображаться на каждой хромосоме.

Глядя на хромосому 1, вы можете видеть, что я сопоставляю Шерил и Дон в одном и том же сегменте в начале хромосомы, но получил два разных сегмента ДНК в другой части хромосомы 1, далее справа.

В качестве последнего примера я добавил ДНК от двух известных двоюродных братьев, Рекса и Максин, которые спустились на пару поколений назад во времени через более отдаленных предков в одной линии — одного по материнской линии и одного по отцовской линии.

Нажмите на номер хромосомы, чтобы развернуть, чтобы увидеть все окрашенные сегменты

Вы можете видеть, глядя на хромосому 3, что Шерил и Дон соответствуют мне на значительном количестве того же большого розового сегмента плюс меньший розовый сегмент в конце

Рекс (желтый) и Максин (синий) совпадают со мной в разных частях хромосомы.Похоже, что существует небольшое совпадение между Рексом и Максин, что, безусловно, возможно, потому что Джейкоб Ленц, предок, из которого происходит Максин, является предком пары, из которой происходит Рекс.

Используя известные совпадения и сопоставления, мы можем видеть сегменты, которые перемещают нас назад во времени, сообщая нам, от какого предка произошла эта часть сегмента.

Например, если синий сегмент был непосредственно выровнен с одним из розовых сегментов, то мы бы знали, что синяя часть розового сегмента произошла от Якоба Ленца и Фредерики Рейль.

Это самая удивительная, невероятно захватывающая игра предка Сукоку.

Хотите играть ???

Вот как подготовиться к моей следующей статье, где мы будем использовать различные совпадения поставщиков, чтобы начать рисовать.

Загрузить и загрузить свои аутосомные файлы

Вы хотите, чтобы ваш ДНК находился в большинстве торговых точек, чтобы вы могли найти все свои совпадения, которые можно отнести к известным родственникам и предкам. Вы никогда не знаете, кто будет тестировать у какого поставщика, и единственный способ выяснить это — это тоже иметь свою ДНК.

Для каждого поставщика я предоставил мини-учебник о том, как максимизировать ваше тестирование и передачу как в денежном выражении, так и для максимального эффекта соответствия, или вы можете прочитать здесь статью, которая объясняет больше.

В конце этой статьи также есть шпаргалка для стратегий переноса.

Техника, называемая вменением, упоминается ниже, поэтому вы можете прочитать о вменении здесь. Первоначальное предложение MyHeritage с использованием вменения было проблемой, но с тех пор значительно улучшилось.

Родословная

В Ancestry — Нет возможности передать файлы в Ancestry, поэтому вам нужно проверить их в своей базе данных. Вам также понадобится как минимум минимальная подписка ($ 49), чтобы использовать все функции Ancestry DNA. Вы можете увидеть таблицу сравнения функций с подпиской и без нее здесь.

от Ancestry — В Ancestry также отсутствует браузер с хромосомами. Чтобы использовать DNA Painter, требуется информация о сегментах хромосом, поэтому, если вы тестируете в Ancestry и хотите раскрасить свои сегменты, вам необходимо загрузить файл ДНК в один или все из:

• Семейное древо ДНК — частично совместимое с текущим форматом тестового чипа Ancestry — использует вменение для определения дополнительных генетических областей
• MyHeritage — частично совместимый, но использует вменение для определения дополнительных генетических регионов
• GedMatch

Семейное древо ДНК

To Family Tree DNA — Вы можете загрузить следующие файлы поставщиков в Family Tree DNA.Соответствие является бесплатным, но для использования расширенных инструментов, включая этническую принадлежность и браузер с хромосомами, вам нужно будет заплатить 19 долларов за разблокировку. Это все еще значительно меньше, чем повторное тестирование, особенно для файлов, которые на 100% совместимы.

• Ancestry — файлы V1, сгенерированные до мая 2016 года, полностью совместимы, файлы V2 с мая 2016 года частично совместимы, обеспечивая от 20 до 25% ваших совпадений, то есть ваши самые близкие совпадения
• 23andMe — файл V3 с декабря 2010 г. по ноябрь 2013 г. и файл V4 с ноября 2013 г. по август 2017 г. совместимы, файл платформы V5, начиная с августа 2017 г., не совместим
• MyHeritage — полностью совместимый

Из Family Tree DNA — Вы можете загрузить результаты Family Finder по адресу:

MyHeritage

To MyHeritage — Вы можете загрузить следующие файлы в MyHeritage:

• Family Tree DNA — полностью совместимый
• Происхождение — частично совместимо, но использует вменение для определения дополнительных генетических областей
• 23andMe — частично совместим, но использует вменение для определения дополнительных генетических областей

От MyHeritage — Если вы тестируете на MyHeritage, вы можете загрузить свои файлы на:

23andMe

Для 23andMe — Вы не можете перевести TO 23andMe, поэтому вам нужно проверить там, если вы хотите быть в их базе данных.

от 23andMe — Если вы тестировали на 23andMe, вы можете загрузить свои файлы следующим поставщикам:

Семейное древо
• — файл V3 с декабря 2010 г. по ноябрь 2013 г. и файл V4 с ноября 2013 г. по август 2017 г. совместимы, чип V5, начиная с августа 2017 г., не совместим
• MyHeritage — 23andMe — частично совместим, но использует вменение для определения дополнительных генетических регионов
• GedMatch — файлы V3 от декабря 2010-ноября 2013 года и файлы V4 с ноября 2013-августа 2017 года совместимы, чип V5, начиная с августа 2017 года, совместим только в области песочницы Genesis.Соответствие V5 не является надежным. Файлы от других поставщиков рекомендуются для GedMatch, если вы не соответствуете другому результату V5.

GedMatch

GedMatch — это сторонний сайт, который принимает все автосомальные файлы этих поставщиков с оговоркой, что набор 23andMe V5 очень плохо подходит и требует особой обработки. Я не рекомендую использовать этот набор в GedMatch, если вы не подходите против других наборов 23andMe V5.

Я загружаю несколько комплектов в GedMatch и отмечаю все, кроме одного, только для исследований.Это позволяет мне использовать мой комплект Ancestry для сопоставления с другими пользователями Ancestry для более точного соответствия, мой комплект Family Tree DNA с другими комплектами Family Tree DNA и так далее. Отсутствие маркировки нескольких наборов для исследования означает, что вы будете появляться в списках матчей других людей более одного раза, и только первые 2000 матчей будут бесплатными. Маркировка всех наборов, кроме одного, в качестве исследования является любезностью для других.

Рекомендуемая стратегия тестирования для новых тестеров

1. Тестирование в Ancestry и загрузка в GedMatch.
2. Тест на ДНК Семейного древа и загрузка в MyHeritage и GedMatch.
3. Тест на 23andMe и загрузить в GedMatch Genesis.
4. В GedMatch пометьте все, кроме одного комплекта, как «исследовательские», а затем используйте свои комплекты от одного поставщика для сравнений «один к одному».

Рекомендуемая стратегия перевода

Конечно, если вы уже тестировали и еще не тестировали, это повлияет на ваше решение о стратегии перевода. Я подготовил следующий шпаргалку для использования в сочетании с информацией, рассмотренной выше.

* Если вы не можете перенести набор 23andMe V3 / V4 или Ancestry V1 в ДНК Семейного древа, лучше провести тестирование в ДНК Семейного древа. Тесты Ancestry V2 совместимы только на 20-25%.

Лучше всего перейти с Family Tree DNA на MyHeritage, поскольку эти поставщики работают на одной платформе, а инструменты MyHeritage бесплатны.

В моей следующей статье мы обсудим, как добывать совпадения у разных поставщиков для получения точных сегментов для рисования хромосом, включая стратегию того, как совместно использовать Ancestry и Gedmatch для выявления хотя бы некоторых совпадений сегментов Ancestry.

Итак, на данный момент, подготовьтесь, перенеся ваши совпадения в те базы данных, в которых они еще не находятся. Единственная база данных, где я не мог определить совпадения, которых у меня не было в другом месте, была в 23andMe. Все остальные были в ожидании сбора урожая!

_____________________________________________________________________

Раскрытие

Я получаю небольшой вклад, когда вы нажимаете на некоторые ссылки на поставщиков в моих статьях. Это НЕ увеличивает цену, которую вы платите, но помогает мне держать свет и этот информационный блог бесплатным для всех.Пожалуйста, нажмите на ссылки в статьях или на поставщиков ниже, если вы покупаете продукты или тестирование ДНК.

Спасибо большое.

Приобретение ДНК и бесплатные переводы

Генеалогические услуги

Генеалогические исследования

Нравится:

Нравится Загрузка …